Η έρευνα στο τμήμα φιλολογίας εξερευνά την πλούσια και πολυμορφική κληρονομιά της ανθρωπότητας μέσω της μελέτης της γλώσσας, της λογοτεχνίας, της φιλοσοφίας και του πολιτισμού. Από την αρχαία ελληνική και ρωμαϊκή λογοτεχνία μέχρι τις σύγχρονες λογοτεχνικές και φιλοσοφικές αναζητήσεις, η έρευνα στο τμήμα φιλολογίας διερευνά τη δυναμική εξέλιξη των ιδεών και της γραπτής και προφορικής έκφρασης σε διάφορες πολιτισμικές περιόδους και κοινωνίες. Αποκαλύπτονται οι ρίζες και οι αλληλεπιδράσεις μεταξύ γλωσσών, ο τρόπος δημιουργίας και ανάδυσης των λογοτεχνικών έργων, καθώς και η επίδρασή τους στη σύγχρονη κοινωνία και πολιτισμό. Στόχοι της έρευνας είναι:
Λόγω της σημαντικότητας των παραπάνω στόχων, στο Τμήμα η έρευνα συχνά χρηματοδοτείται από εθνικούς κι ευρωπαïκούς πόρους, και διχέει τα αποτελέσματα με δημοσιευσεις σε διεθνή συνέδρια καθώς και με περιοδικές εκδόσεις των τομέων του Τμήματος.
Στην έρευνα του Τμήματος συμβάλλουν με ενεργό και καθοριστικό ρόλο τα ερευνητικά εργαστήρια καθώς και το Λαογραφικό Μουσείο και Αρχείο.
Στο τμήμα φιλολογίας δίνεται επίσης η δυνατότητα διεξαγωγής μεταδιδακτορικής έρευνας.